Kruopščiai ištyrę piliakalnį archeologai nustatė, kad XIII-XIV a. ant piliakalnio stovėjo vėliau sudeginta pilis. XV a. jos vietoje pastatyta nauja pilis, kuri XVI a. vėl sudegė. To paties amžiaus pabaigoje čia pastatyti nauji dideli rūmai. Nuo piliakalnio viršūnės atsiveria graži panorama: plati Nemuno juosta ir Punios šilas. Piliakalnį surasti labai lengva – nuo miestelio bažnyčios reikia paėjėti 200 metrų į vakarus.
Piliakalnis datuojamas XIV a. pabaiga – XV a. pradžia.
Nustatyta, kad piliakalnio vietoje buvo gyvenama jau akmens amžiuje, gyvenvietė čia buvo ir I tūkst. pr. Kr. (rasta lygios keramikos). Pylimas supiltas per 3 kartus. Pirmasis pylimas buvo 20 m pločio ir tik 2 m aukščio, suplūktas iš molio su šlyno priemaiša. Jo plokščiame viršuje stovėjo ąžuolinis gynybinis statinys, kuris sudegė per gaisrą. Po jo pylimas paaukštintas iki 3,5 m supilant smėlio–molio sluoksnius, ant jo vėl pastatyta medinė gynybinė siena, kuri taip pat sudegė. Trečiame pylimo rekonstrukcijos etape jis paaukštintas dar per 1,7 m užpilant molio sluoksnį, kurį tvirtino taisyklingais keturkampiais sudėti ąžuoliniai tašai. Pylimo gale šią konstrukciją dar tvirtino ir vertikaliai sukasti stulpai. Aikštelėje stovėta medinių pastatų, kurių aptiktos sudegusios liekanos. Jų aplinkoje rasta žiestos keramikos, geležinis pentinas. Daugumą radinių sudaro dvaro laikotarpio statybinės bei interjero detalės, buityje naudoti dirbiniai.
Į R nuo piliakalnio 3 ha plote yra papėdės gyvenvietė (tyrinėta 1973 m.) su apardytu kultūriniu sluoksniu.
Punios piliakalnios aprašymas – spausti ČIA.
Nuotraukų atoriai: A. Balčiūnas, Z. Baubonis, G. Bernatavičius.